スキャン中に別の画面に推移したりブラウザを閉じても大丈夫ですか？

はい、大丈夫です。Waltiでは各種スキャンはキュー処理されておりますので、スキャン中にWEB画面を切り替えたり、ログアウトしたりしても、スキャンはバックエンドで実行されます。